Elusolendite nagu loomade või taimede DNA on tohutu pikkades juppides. Et määrata DNA järjestust, tuleb ta lõigata tükkideks, iga tüki järjestus eraldi määrata, ja tükid arvutiprogrammide abil taas kokku panna.
Et simulatsiooni kasutada, kopeeri fail DNA.py
oma Pythoni kausta (näiteks Windowsi all C:\Python25\Lib\site-packages) ja impordi kõik Pythonisse:
>>> from DNA import *
Loo uus DNA järjestus kas käsitsi>>> dna = DNA('ACGTACCCGATTAGGCACA')või anna ette juhusliku järjestuse pikkus: >>> dna = DNA(length = 3000)
Järjestust saab vaadata, sisestades >>> print dna
Siis defineeri mõned restriktaasid (ensüümid, mis lõikavad DNA-d):>>> r1 = Restrictase('AT', 'TA')
>>> r2 = Restrictase('AG', 'GA')
>>> r3 = Restrictase('CG', 'GC')
Sul peaks olema vähemalt kaks või kolm restriktaasi, et DNA saaks korralikult kokku panna.
Ilmselt lõikab meie r1 DNA-d 'AT'
ja 'TA'
vahelt,>>> r1.cut('ACGTTTCGGATTAGGGC')jne.
['ACGTTTCGGAT', 'TAGGGC']
Lõika DNA tükkideks ja anna tükkide listidele nimed: >>> p1 = r1.cut(dna) ning pane nad kõik kokku:
>>> p2 = r2.cut(dna)
>>> p3 = r3.cut(dna)>>> p = p1 + p2 + p3
Nüüd loo kokkupanija, et taastada algne järjestus:>>> a = DNAassembler()
Proovime kokkupanijat, et näha, kuidas ta töötab:>>> a.assemble(['ACGTTT', 'TTTGCACCGA'])nagu peab!
'ACGTTTGCACCGA'
Pane DNA kokku >>> assembledDNA = a.assemble(p)ja pea pöialt, et kokkupandud järjestus oleks sama, mis alguses:>>> assembledDNA == dna
True
Loodud: 09.01.2006
Muudetud: 14.11.2006